Meeting Agendas 2014/2015

 

 

 

 

The timetable

  lundi mardi mercredi jeudi vendredi
Matin     Dojo Code (CM, FS)**   Dojo Code (CM, FS)**
Après-midi   Workflow analyse séquences Metagénomique Microbienne (Gse, SSB)*   Galaxy (AD, JFD)** BDD (GSe,PL)** RNA-seq (Gsa, MS)***
Drupal (VG, GD)** GBSpipelinethon (MS, GSa)***
  Reseq (GD, FS)***

*: Utilisateurs C2B
**: Développeurs South Green
***: Utilisateurs plateaux AGAP, IRD, C2B

Thursday Meeting / Workshop Planning

Agenda of Thursday meetings: Data Integration Team, South Green Network, Agilathon (Galaxython)
Date Type Salle Bât Time Participant title Originally
04-sept SG1 159 3 14h30 southgreen@cirad.fr Réunion jeudi plateforme SG  
11-sept ID1 111 2 14h30 agap-id@cirad.fr Réunion jeudi équipe ID  
18-sept Agilathon 111 2 14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
25-sept Agilathon 159 3 14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
02-oct SG2 159 3 14h30 southgreen@cirad.fr Réunion jeudi plateforme SG  
09-oct Agilathon 111 2 14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
16-oct ID2 111 2 14h30 agap-id@cirad.fr Réunion jeudi équipe ID  
23-oct Agilathon 159 3 14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
30-oct Agilathon 159 3 14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
06-nov SG3 159 3 14h00 southgreen@cirad.fr Réunion jeudi plateforme SG  
13-nov Agilathon 111 2 14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
20-nov ID3 159 3 14h00 agap-id@cirad.fr Réunion jeudi équipe ID  
27-nov Agilathon 159 3 14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
04-déc SG4 111 2 14h00 southgreen@cirad.fr Réunion jeudi plateforme SG  
11-déc Agilathon 159 3 14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
18-déc ANNULE 159 3 14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG ID4
25-déc (férié & congé)     14h00      
01-janv (férié & congé)     14h00      
08-janv Agilathon 159 3 14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi équipe ID SG5 ?
15-janv SG5 (PAG) 159 3 14h00 southgreen@cirad.fr Réunion jeudi plateforme SG Agilathon (PAG) ?
22-janv Agilathon 159 3 14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
29-janv ID5 (ANNULEE) 159 3 14h00 agap-id@cirad.fr Réunion jeudi équipe ID  
05-févr ID6 159 3 14h00 agap-id@cirad.fr Réunion jeudi plateforme SG SG6
12-févr Agilathon 159 3 14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
19-févr Agilathon 159 3 14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
26-févr SG6 159 3 14h00 southgreen@cirad.fr Réunion jeudi équipe ID ID6
05-mars Agilathon 159 3 14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
12-mars ID7 159 3 14h00 southgreen@cirad.fr Réunion jeudi plateforme SG SG7
19-mars Agilathon 31 3 14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
26-mars SG7 128   14h00 southgreen@cirad.fr Réunion jeudi équipe ID ID7
02-avr Agilathon 159   14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
09-avr ID8 159   14h30 southgreen@cirad.fr Réunion jeudi plateforme SG SG8
16-avr Agilathon 159   14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
23-avr Agilathon 159   14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
30-avr SG8 15   14h30 southgreen@cirad.fr Réunion jeudi équipe ID ID8
07-mai Agilathon 159   14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
14-mai (férié & congé)     14h00      
21-mai ID9 15   14h30 southgreen@cirad.fr Réunion jeudi plateforme SG SG9
28-mai Agilathon 15   14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
04-juin Agilathon 159   14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
11-juin SG9 159   14h30 southgreen@cirad.fr Réunion jeudi équipe ID ID9
18-juin Agilathon 159   14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
25-juin ID10 15   14h30 southgreen@cirad.fr Réunion jeudi plateforme SG  
02-juil Entr'ACTE 159   14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG Agilathon ANNULE
09-juil SG10 159   14h30 southgreen@cirad.fr Réunion jeudi équipe ID  
16-juil Agilathon 159   14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  
23-juil Agilathon 159   14h00 galaxy-dev-southgreen@cirad.fr Réunion jeudi Agilathon SG  

Agilathon during holidays

14h30 due to switch to french summer time

Friday User Workshops

The charter

Ces groupes de travail sont gérés au niveau du plateau de bioinformatique AGAP mais restent ouverts aux partenaires de la plateforme South Green par exemple.
Chaque groupe est géré par un référent bioinformaticien et un suppléant bioinformaticien qui animent les ateliers.
Le fonctionnement des ateliers de bioinformatiques / bioanalyse s'inspirent des méthodes Agiles. Ce sont des réunions de retour d'expérience, de partage de savoir-faire (e.g. partage de modes opératoires) et de travail collaboratif, le code n'appartenant à personne.
L'idée est donc de définir des objectifs communs et structurés avec des priorités et de répartir les tâches entre des sous-groupes (.e.g binômes) qui se créent à chaque séance. Les sous-groupes s'engagent à documenter leur travail sans que cela devienne chronophage (e.g. une photo d'un schéma sur tableau peut faire gagner du temps).
Pour avoir lieu un binôme minimum est nécessaire car on se retrouve alors dans la configuration initiale d'avant les GT (i.e. un bioinformaticien et un biologiste par exemple).
Un nombre d'ordinateurs minimum est requis (i.e. au moins un par sous-groupe) et il est aussi souhaitable d'avoir une affinité pour la ligne de commande sous Linux, même si nous sommes ouverts à tous les logiciels d'analyse de données biologiques (e.g. Galaxy, R, Cytoscape).
Chacun s'engage autant que possible à participer au groupe dans la durée, dans l'échange et le partage avec une vision de développement collaboratif de projets de recherche bioinformatique / bioanalyse et ainsi établir une relation interdisciplinaire synergique.

Planning

Day Date Type Salle Bât Time Participant title Originally
mardi 09-sept GBSpipe1 Café 3 9h30 groupe-gbs@cirad.fr Atelier GBSpipelinethon Stéphanie
mardi 16-sept GBSpipe2 Café 3 9h00 groupe-gbs@cirad.fr Atelier GBSpipelinethon Stéphanie
vendredi 26-sept GBSBDD1 33 3 13h30 groupe-gbs@cirad.fr Atelier BDDthon Guilhem
vendredi 26-sept RNA-Seq1 33 3 15h00   Atelier RNA-Seq Stéphanie
mardi 30-sept GBSpipe3 Café 3 9h30 groupe-gbs@cirad.fr Atelier GBSpipelinethon Annulé Alerte rouge
vendredi 03-oct RNA-Seq2 B12 3 14h00   Atelier RNA-Seq Stéphanie
vendredi 10-oct GBSBDD2 31 3 9h15 groupe-gbs@cirad.fr Atelier BDDthon Guilhem
mardi 14-oct GBSpipe4 159 3 9h00 groupe-gbs@cirad.fr Atelier GBSpipelinethon Stéphanie
vendredi 17-oct RNA-Seq3         Atelier RNA-Seq Gautier / Cédric
mardi 04-nov GBSpipe5 Café 3 9h15 groupe-gbs@cirad.fr Atelier GBSpipelinethon Gautier / Cédric
vendredi 07-nov GBSBDD3       groupe-gbs@cirad.fr Atelier BDDthon Guilhem
vendredi 14-nov GBSBDD4       groupe-gbs@cirad.fr Atelier BDDthon Guilhem
mardi 18-nov GBSpipe6 Café 3 9h15 groupe-gbs@cirad.fr Atelier GBSpipelinethon Gautier / Cédric
vendredi 21-nov RNA-Seq4         Atelier RNA-Seq Gautier / Cédric
vendredi 28-nov GBSBDD5       groupe-gbs@cirad.fr Atelier BDDthon Guilhem
mardi 02-déc GBSpipe7 Café 3 9h15 groupe-gbs@cirad.fr Atelier GBSpipelinethon Gautier / Cédric
vendredi 05-déc RNA-Seq5         Atelier RNA-Seq Gautier / Cédric
vendredi 12-déc GBSBDD6       groupe-gbs@cirad.fr Atelier BDDthon Guilhem
mardi 16-déc GBSpipe8 Café 3 9h15 groupe-gbs@cirad.fr Atelier GBSpipelinethon Gautier / Cédric
vendredi 19-déc RNA-Seq6         Atelier RNA-Seq Gautier / Cédric
vendredi 30-janv GBSpipe1 31 3 14h groupe-gbs@cirad.fr Atelier GBSpipelinethon Stéphanie / Alix
vendredi 06-févr RNA-Seq1 159 3 14h   Atelier RNA-Seq Stéphanie / Alix
vendredi 27-févr Reseq1 Café 3 14h   Atelier Reseq Gaetan / Francois
vendredi 06-mars GBSpipe2 Café   14h groupe-gbs@cirad.fr Atelier GBSpipelinethon  
vendredi 13-mars RNA-Seq2 31   14h   Atelier RNA-Seq  
vendredi 20-mars Reseq2 159   14h   Atelier Reseq Gaetan / Stéphanie
vendredi 27-mars GBSpipe3 159   14h groupe-gbs@cirad.fr Atelier GBSpipelinethon  
vendredi 03-avr RNA-Seq3 159   14h   Atelier RNA-Seq  
vendredi 10-avr Reseq3 Café   14h   Atelier Reseq Gaetan / Stéphanie
vendredi 22-mai GBSpipe4 159   14h groupe-gbs@cirad.fr Atelier GBSpipelinethon  
vendredi 29-mai RNA-Seq4 159   14h   Atelier RNA-Seq  
vendredi 05-juin Reseq4 Café   14h   Atelier Reseq Gaetan / Stéphanie 159
vendredi 12-juin GBSpipe5 Café   14h groupe-gbs@cirad.fr Atelier GBSpipelinethon 159
vendredi 19-juin RNA-Seq5 159   14h   Atelier RNA-Seq  
vendredi 26-juin Reseq5 159   14h   Atelier Reseq Gaetan / Stéphanie