Meeting Agendas 2014/2015
The timetable
lundi | mardi | mercredi | jeudi | vendredi | ||
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Matin | Dojo Code (CM, FS)** | Dojo Code (CM, FS)** | ||||
Après-midi | Workflow analyse séquences Metagénomique Microbienne (Gse, SSB)* | Galaxy (AD, JFD)** | BDD (GSe,PL)** | RNA-seq (Gsa, MS)*** | ||
Drupal (VG, GD)** | GBSpipelinethon (MS, GSa)*** | |||||
Reseq (GD, FS)*** |
*: Utilisateurs C2B
**: Développeurs South Green
***: Utilisateurs plateaux AGAP, IRD, C2B
Thursday Meeting / Workshop Planning
Date | Type | Salle | Bât | Time | Participant | title | Originally |
---|---|---|---|---|---|---|---|
04-sept | SG1 | 159 | 3 | 14h30 | southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi plateforme SG | |
11-sept | ID1 | 111 | 2 | 14h30 | agap-id@cirad.fr | Réunion jeudi équipe ID | |
18-sept | Agilathon | 111 | 2 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | |
25-sept | Agilathon | 159 | 3 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | |
02-oct | SG2 | 159 | 3 | 14h30 | southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi plateforme SG | |
09-oct | Agilathon | 111 | 2 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | |
16-oct | ID2 | 111 | 2 | 14h30 | agap-id@cirad.fr | Réunion jeudi équipe ID | |
23-oct | Agilathon | 159 | 3 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | |
30-oct | Agilathon | 159 | 3 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | |
06-nov | SG3 | 159 | 3 | 14h00 | southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi plateforme SG | |
13-nov | Agilathon | 111 | 2 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | |
20-nov | ID3 | 159 | 3 | 14h00 | agap-id@cirad.fr | Réunion jeudi équipe ID | |
27-nov | Agilathon | 159 | 3 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | |
04-déc | SG4 | 111 | 2 | 14h00 | southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi plateforme SG | |
11-déc | Agilathon | 159 | 3 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | |
18-déc | ANNULE | 159 | 3 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | ID4 |
25-déc | (férié & congé) | 14h00 | |||||
01-janv | (férié & congé) | 14h00 | |||||
08-janv | Agilathon | 159 | 3 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi équipe ID | SG5 ? |
15-janv | SG5 (PAG) | 159 | 3 | 14h00 | southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi plateforme SG | Agilathon (PAG) ? |
22-janv | Agilathon | 159 | 3 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | |
29-janv | ID5 (ANNULEE) | 159 | 3 | 14h00 | agap-id@cirad.fr | Réunion jeudi équipe ID | |
05-févr | ID6 | 159 | 3 | 14h00 | agap-id@cirad.fr | Réunion jeudi plateforme SG | SG6 |
12-févr | Agilathon | 159 | 3 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | |
19-févr | Agilathon | 159 | 3 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | |
26-févr | SG6 | 159 | 3 | 14h00 | southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi équipe ID | ID6 |
05-mars | Agilathon | 159 | 3 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | |
12-mars | ID7 | 159 | 3 | 14h00 | southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi plateforme SG | SG7 |
19-mars | Agilathon | 31 | 3 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | |
26-mars | SG7 | 128 | 14h00 | southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi équipe ID | ID7 | |
02-avr | Agilathon | 159 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | ||
09-avr | ID8 | 159 | 14h30 | southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi plateforme SG | SG8 | |
16-avr | Agilathon | 159 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | ||
23-avr | Agilathon | 159 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | ||
30-avr | SG8 | 15 | 14h30 | southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi équipe ID | ID8 | |
07-mai | Agilathon | 159 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | ||
14-mai | (férié & congé) | 14h00 | |||||
21-mai | ID9 | 15 | 14h30 | southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi plateforme SG | SG9 | |
28-mai | Agilathon | 15 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | ||
04-juin | Agilathon | 159 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | ||
11-juin | SG9 | 159 | 14h30 | southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi équipe ID | ID9 | |
18-juin | Agilathon | 159 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | ||
25-juin | ID10 | 15 | 14h30 | southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi plateforme SG | ||
02-juil | Entr'ACTE | 159 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | Agilathon ANNULE | |
09-juil | SG10 | 159 | 14h30 | southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi équipe ID | ||
16-juil | Agilathon | 159 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG | ||
23-juil | Agilathon | 159 | 14h00 | galaxy-dev-southgreen@cirad.fr | Réunion jeudi Agilathon SG |
Agilathon during holidays
14h30 due to switch to french summer time
Friday User Workshops
The charter
Ces groupes de travail sont gérés au niveau du plateau de bioinformatique AGAP mais restent ouverts aux partenaires de la plateforme South Green par exemple.
Chaque groupe est géré par un référent bioinformaticien et un suppléant bioinformaticien qui animent les ateliers.
Le fonctionnement des ateliers de bioinformatiques / bioanalyse s'inspirent des méthodes Agiles. Ce sont des réunions de retour d'expérience, de partage de savoir-faire (e.g. partage de modes opératoires) et de travail collaboratif, le code n'appartenant à personne.
L'idée est donc de définir des objectifs communs et structurés avec des priorités et de répartir les tâches entre des sous-groupes (.e.g binômes) qui se créent à chaque séance. Les sous-groupes s'engagent à documenter leur travail sans que cela devienne chronophage (e.g. une photo d'un schéma sur tableau peut faire gagner du temps).
Pour avoir lieu un binôme minimum est nécessaire car on se retrouve alors dans la configuration initiale d'avant les GT (i.e. un bioinformaticien et un biologiste par exemple).
Un nombre d'ordinateurs minimum est requis (i.e. au moins un par sous-groupe) et il est aussi souhaitable d'avoir une affinité pour la ligne de commande sous Linux, même si nous sommes ouverts à tous les logiciels d'analyse de données biologiques (e.g. Galaxy, R, Cytoscape).
Chacun s'engage autant que possible à participer au groupe dans la durée, dans l'échange et le partage avec une vision de développement collaboratif de projets de recherche bioinformatique / bioanalyse et ainsi établir une relation interdisciplinaire synergique.
Planning
Day | Date | Type | Salle | Bât | Time | Participant | title | Originally |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
mardi | 09-sept | GBSpipe1 | Café | 3 | 9h30 | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier GBSpipelinethon | Stéphanie |
mardi | 16-sept | GBSpipe2 | Café | 3 | 9h00 | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier GBSpipelinethon | Stéphanie |
vendredi | 26-sept | GBSBDD1 | 33 | 3 | 13h30 | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier BDDthon | Guilhem |
vendredi | 26-sept | RNA-Seq1 | 33 | 3 | 15h00 | Atelier RNA-Seq | Stéphanie | |
mardi | 30-sept | GBSpipe3 | Café | 3 | 9h30 | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier GBSpipelinethon | Annulé Alerte rouge |
vendredi | 03-oct | RNA-Seq2 | B12 | 3 | 14h00 | Atelier RNA-Seq | Stéphanie | |
vendredi | 10-oct | GBSBDD2 | 31 | 3 | 9h15 | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier BDDthon | Guilhem |
mardi | 14-oct | GBSpipe4 | 159 | 3 | 9h00 | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier GBSpipelinethon | Stéphanie |
vendredi | 17-oct | RNA-Seq3 | Atelier RNA-Seq | Gautier / Cédric | ||||
mardi | 04-nov | GBSpipe5 | Café | 3 | 9h15 | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier GBSpipelinethon | Gautier / Cédric |
vendredi | 07-nov | GBSBDD3 | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier BDDthon | Guilhem | |||
vendredi | 14-nov | GBSBDD4 | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier BDDthon | Guilhem | |||
mardi | 18-nov | GBSpipe6 | Café | 3 | 9h15 | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier GBSpipelinethon | Gautier / Cédric |
vendredi | 21-nov | RNA-Seq4 | Atelier RNA-Seq | Gautier / Cédric | ||||
vendredi | 28-nov | GBSBDD5 | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier BDDthon | Guilhem | |||
mardi | 02-déc | GBSpipe7 | Café | 3 | 9h15 | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier GBSpipelinethon | Gautier / Cédric |
vendredi | 05-déc | RNA-Seq5 | Atelier RNA-Seq | Gautier / Cédric | ||||
vendredi | 12-déc | GBSBDD6 | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier BDDthon | Guilhem | |||
mardi | 16-déc | GBSpipe8 | Café | 3 | 9h15 | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier GBSpipelinethon | Gautier / Cédric |
vendredi | 19-déc | RNA-Seq6 | Atelier RNA-Seq | Gautier / Cédric | ||||
vendredi | 30-janv | GBSpipe1 | 31 | 3 | 14h | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier GBSpipelinethon | Stéphanie / Alix |
vendredi | 06-févr | RNA-Seq1 | 159 | 3 | 14h | Atelier RNA-Seq | Stéphanie / Alix | |
vendredi | 27-févr | Reseq1 | Café | 3 | 14h | Atelier Reseq | Gaetan / Francois | |
vendredi | 06-mars | GBSpipe2 | Café | 14h | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier GBSpipelinethon | ||
vendredi | 13-mars | RNA-Seq2 | 31 | 14h | Atelier RNA-Seq | |||
vendredi | 20-mars | Reseq2 | 159 | 14h | Atelier Reseq | Gaetan / Stéphanie | ||
vendredi | 27-mars | GBSpipe3 | 159 | 14h | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier GBSpipelinethon | ||
vendredi | 03-avr | RNA-Seq3 | 159 | 14h | Atelier RNA-Seq | |||
vendredi | 10-avr | Reseq3 | Café | 14h | Atelier Reseq | Gaetan / Stéphanie | ||
vendredi | 22-mai | GBSpipe4 | 159 | 14h | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier GBSpipelinethon | ||
vendredi | 29-mai | RNA-Seq4 | 159 | 14h | Atelier RNA-Seq | |||
vendredi | 05-juin | Reseq4 | Café | 14h | Atelier Reseq | Gaetan / Stéphanie 159 | ||
vendredi | 12-juin | GBSpipe5 | Café | 14h | groupe-gbs@cirad.fr | Atelier GBSpipelinethon | 159 | |
vendredi | 19-juin | RNA-Seq5 | 159 | 14h | Atelier RNA-Seq | |||
vendredi | 26-juin | Reseq5 | 159 | 14h | Atelier Reseq | Gaetan / Stéphanie |